Tiền thân là Đội tuyển Bóng đá Tỉnh Khánh Hòa sau nhiều năm thi đấu ở Giải Bóng đá hạng Nhì Quốc gia.

Khánh Hòa những năm gần đây, tình hình kinh tế xã hội phát triển mạnh về các mặt, kể cả phong trào Thể dục thể thao. Song, riêng về môn bóng đá vẫn chưa ngang tầm với sự phát triển của Tỉnh nhà và sự đòi hỏi của người hâm mộ. Muốn có đội bóng mạnh, chỉ có con đường xã hội hóa thể thao theo chủ trương của Đảng và Nhà nước ta thì mới đem lại hiệu quả.

Xuất phát từ tình hình thực tế trên và để đáp ứng sự kỳ vọng của người hâm mộ

Ngày 01/11/2004 CLB Bóng đá Khatoco Khánh Hòa chính thức ra mắt trong không khí phấn khởi, trước sự chứng kiến của các đồng chí Lãnh đạo Tỉnh, Lãnh đạo các ban, ngành của Liên đoàn bóng đá Việt nam. Đây là dịp lãnh đạo Tỉnh giao trách nhiệm cho Tổng công ty Khánh Việt trực tiếp quản lý, quyết tâm định hướng với mục tiêu xây dựng phong trào Bóng đá Tỉnh nhà phát triển vững mạnh theo xu thế bóng đá chuyên nghiệp của cả nước.